进行公司分析时，我们经常看到上市公司出现治理问题，上市公司治理问题的主要原因有哪些?那么根本的原因是什么呢?
(1)大股东所有权的扭曲
目前，大部分上市公司的大股东即国家股，基本上就是以国有控股(集团)公司或者是国有资产管理局为代表的，这些主体实际上是国家行政主体，他们的目标没有私有产权主体那么“纯粹”，即只是追求经济利益的最大化，国家股的主体，更多的是政治功利与经济目标的混合物，他们常常具有双重的身份和人格，有控制权，但没有剩余索取权的，不是真正的风险的承担者。
(2)上市公司的股权的结构的不合理
我国的上市公司的股权的结构的不合理.首先表现在一股独大上。据统计，截至到2001年的4月底，全国共有上市公司1124家的，其中发行A股的公司1 102家。第一大股东持股份额占公司总股本超过50写的有890家，占了全部的公司总数的79.2%，其中持股份额占据公司总股本超过了75%的63家，占了全部公司总数的5.62%。而且第一股东的持股份额显著高于第二、三股东的。
其次，大股东中国家股东和法人股东占压倒多数的，相当一部分的法人股东也是国有控股的，股权缺乏了流动性。统计表明，第一大股东为国家持股的公司的，占了全部公司总数的65%的;第一大股东为法人股东的.占了全部公司总数的31%,两者之和所占的比例高达了96 %。
(3)中小股东的制约不到位
我国上市公司特殊的股权结构使得“一股独大”的现象十分普遍.中小的投资者的权利(决策权和诉讼权)和义务(资金支持)处于严重的失衡的状态，影响了中小股东行使权力的积极性。其实，在许多的上市公司里.中小股东加起来的股权数也常常有举足轻重的作用，但在现实情况中，中小股东利用股东大会参与公司的经营决策却是寥寥无几。其中一方面的原因当然在于大股东和中小股东地位、实力和信息的不对等，但也不能否认.许多中小投资者怠于行使自己的权利.
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